Vadybos apskaita gali būti veiksminga verslo planavimo, strateginės plėtros ir vidaus stebėjimo priemonė. Tuo pačiu metu yra galimų problemų, kurios gali kilti remdamasi vien tik valdymo apskaitos informacija. Pasikliauti tik valdymo apskaita gali būti pavojinga ir sukelti verslą netinkama kryptimi. Vadybininkai turi žinoti apie valdymo apskaitos trūkumus, kad jie galėtų kritiškai įvertinti pateiktą informaciją. Vadybininkai, kurie gali tai padaryti, galės naudoti valdymo apskaitos informaciją kartu su kita informacija, kad galėtų priimti pagrįstus verslo sprendimus.
Standartizacijos stoka
Finansinė apskaita yra labai standartizuota, o finansinės buhalteriai naudojasi tokiomis gairėmis kaip bendrieji apskaitos principai (GAAP). Priešingai, valdymo apskaitoje nėra standartinių procedūrų. Vadovybės buhalteris gali sukurti savo sistemas ir metrikas, kad įvertintų organizacijos finansus. To trūkumas yra tas, kad vienas buhalterio metodas gali labai skirtis nuo kito metodo. Dėl to gali būti neatitikimų, kaip vertinami finansiniai kriterijai ir vertinimai. Taip pat reikalaujama, kad buhalteriai turėtų daug daugiau žinių ir galėtų interpretuoti kitų sukurtas apskaitos sistemas.
Per didelis dėmesys kiekybinei informacijai
Kiekybiniai duomenys gali būti naudingi priimant informuotus verslo sprendimus. Tačiau vadovybės apskaitoje daugiausia dėmesio skiriama tik kiekybinėms priemonėms ir ignoruojami veiksniai, kurių negalima matuoti doleriais ir centais. Pavyzdžiui, gali pasirodyti, kad yra ekonomiškai naudinga perkelti gamybos įrenginį į regioną, kuriame yra mažesnės darbo užmokesčio sąnaudos. Valdymo apskaita gali apskaičiuoti darbo užmokesčio taupymą ir tam tikrus galimus sąnaudų padidėjimus (pavyzdžiui, pristatymo išlaidas arba importo muitus). Tačiau valdymo apskaita negali turėti įtakos tokiems dalykams, kaip taupymas, susijęs su bendruomenės narių geranoriškumu regione, arba viešųjų ryšių problemos, kurios gali kilti dėl tokio sprendimo. Vadybos apskaita yra labai racionali, tačiau kartais visiškai racionali gali būti trūkumas.
Subjektyvumas
Valdymo apskaita leidžia daug subjektyvumo kuriant metrikas ir metodus, skirtus efektyvumo matavimui. Tai yra problemiška, nes buhalterio asmeniniai įsitikinimai ir šališkumas gali turėti įtakos veikimo vertinimui. Pavyzdžiui, jei darbuotojo produktyvumui įvertinti reikia valdymo sąskaitos, ji gali sutelkti dėmesį tik į rezultatus ir neatsižvelgti į darbuotojų įnašus, kurie gali turėti didelį poveikį bendram produktyvumui. Tai turi įtakos ir įmonei, ir darbuotojams. Bendrovė yra paveikta, nes informacija, kurią ji naudoja, gali būti ne geriausia, o darbuotojai gali būti paveikti, jei jie mano, kad jie nėra vertinami sąžiningai.