Organizacinė struktūra nurodo, kaip darbuotojai ir vadovybė bendrauja per agentūrą. Kaip ir privačiojo sektoriaus įmonės naudoja savo organizacines struktūras siekdamos savo produktyvumo ir pelningumo tikslų, viešojo sektoriaus agentūros naudoja organizacinę struktūrą, kad galėtų atlikti savo užduotis visų piliečių labui. Vykdydamos savo misijas, viešojo sektoriaus agentūros remiasi griežtu organizacinės struktūros vaidmenų apibrėžimu.
Vertikali struktūra
Dauguma valdžios institucijų kiekviename lygmenyje naudoja vertikalią struktūrą.Vertikalios organizacinės struktūros yra apibrėžtos vadovaujančio direktoriaus ar departamento vadovo, turinčio daugybę vidurinių vadovų ir dar mažesnių pareigų. Departamento vadovai diktuoja veiklos procedūras, viduriniai vadovai kuria šių procedūrų įgyvendinimo planus, o žemesnio lygio darbuotojai atlieka reikalingas užduotis. Nors įvairios karinės tarnybos šakos yra pagrindiniai vertikalios struktūros pavyzdžiai, daugelis civilinių agentūrų taip pat naudojasi šiuo metodu.
Horizontali struktūra
Vertikalios struktūros dėmesys sutelkiamas į hierarchiją, o horizontalioje struktūroje naudojamas lygesnis nustatymas. Horizontali struktūra naudoja mažiau sluoksnių tarp valdymo ir darbo jėgos ir leidžia atviriau bendrauti tarp šių sluoksnių. Nors retai matoma aukščiausiuose valdžios lygmenyse, horizontali struktūra dažnai naudojama agentūrose su mažesnėmis jurisdikcijomis, mažesniais biudžetais ir mažiau darbuotojų. Pavyzdžiui, vietos sveikatos departamento direktorius gali naudoti horizontalią struktūrą tiesiogiai bendrauti su inspektoriais ir kitais darbuotojais, o ne naudoti vidurinius vadovus.
Skyrių struktūra
Skyrių struktūros atskiria darbuotojus pagal darbo specialybę arba geografiją. Kiekvienas departamentas prižiūri savo veiklą, nedaug prisideda prie kitų departamentų. Pavyzdžiui, federaliniu lygmeniu valstybės departamentas tvarko užsienio reikalus. Valstybės departamente yra padaliniai, kurie tvarko su ekonomikos augimu, politiniais reikalais, ginklų kontrole ir žmogaus teisėmis susijusius reikalus.
Matricos struktūra
Matricos organizacinė struktūra naudoja sistemą, kurioje santykiai tarp darbuotojų ir valdymo yra nustatyti kaip tinklelis arba matrica, o ne įprastinė hierarchija. Matricos struktūra leidžia agentūroms, kurių pareigos yra sutampančios, bendrauti tarpusavyje, tačiau ji taip pat gali sukelti pastangų dubliavimą. Pavyzdžiui, Mokslo ir technologijų direktoratas, Vidaus saugumo departamento padalinys, koordinuoja savo kovos su terorizmu pastangas, naudoja matricos struktūrą.
